Program Studi S1 Farmasi di Universitas Muhammadiyah Kuningan memiliki sejarah yang dimulai pada tahun 2008 dengan berdirinya Akademi Farmasi (AKFAR) Muhammadiyah Kuningan. Pada 28 Agustus 2018, AKFAR bertransformasi menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Muhammadiyah Kuningan berdasarkan SK No. 700/KPT/I/2018. Pada tahun 2024, STIKES Muhammadiyah Kuningan bergabung dengan STKIP Muhammadiyah Kuningan, membentuk Universitas Muhammadiyah Kuningan.